Em 16 de Outubro de 1998, Pinochet foi detido pela Scotland Yard em Londres, onde se encontrava para tratamento médico.

A prisão do ex-chefe de Estado obedecia a um mandado de busca e apreensão internacional, com fins de extradição para Espanha (país onde seria julgado por crimes de abuso dos Direitos Humanos).

O mandato foi expedido pelo juiz espanhol Baltasar Garzón (embora sem deter competência para pedir extradições), e enviado à Interpol, onde é acusado por supostos crimes de genocídio, terrorismo e torturas, com base em denúncias de familiares de espanhóis desaparecidos no Chile durante seu governo.

Fica detido em prisão domiciliar por 503 dias na capital britânica sendo libertado por razões médicas. A ex-primeira-ministra britânica, Margaret Thatcher, usou de seu prestígio para pressionar o governo britânico a libertar Pinochet (que apoiou os britânicos na Guerra das Malvinas), a quem chamou de um amigo que ajudou a combater o comunismo. O governo britânico, alegando razões de saúde, recusou-se a extraditá-lo para a Espanha. Uma junta médica britânica declarou-o mentalmente incapacitado para enfrentar um julgamento pelo que Pinochet foi extraditado para o Chile em março de 2000. Uma vez posta em causa a sua sanidade mental, teve de renunciar ao cargo de senador vitalício, em 2002.

O juiz Garzón jamais abandonou as investigações sobre o presidente e obteve, em outubro, da justiça chilena a autorização para interrogar Pinochet e sua esposa pelo caso dos fundos secretos que o general possuiria fora de seu país.

No Chile acumulou mais de 300 queixas e, quando sua imunidade era suspensa, processos, em casos de violações de direitos do homem in thesis e de suposta corrupção.

Em Julho de 2001, apresentou um atestado de debilidade mental que o terá salvado de uma possível condenação.