Em 1941, um conflito territorial entre o Equador e o Peru conduziu as partes ao Protocolo do Rio de Janeiro homologado em 29 de janeiro de 1942, estabelecendo fronteiras provisórias. O estado de guerra perdurou entre os dois países até 26 de outubro de 1998, quando os presidentes Jamil Mahuad (do Equador) e Alberto Fujimori (do Peru) assinaram o acordo denominado Ata Brasília, pelo qual o Peru concedeu um quilômetro quadrado de seu território no lugar chamado Tiwintza, onde 14 soldados do Equador haviam sido sepultados.

Ambos os países assinaram ainda tratados de comércio e acordos de navegação pelos quais o Equador tem o direito de navegação irrestrita pelo Rio Amazonas.